Однако в условиях острейшего дефицита авиационной техники машины остались в действующей армии. Кроме того, учебный вариант использовался в школе авиации Императорского всероссийского аэроклуба (№№442, 449, 450); Гатчинской военной авиашколе (№№ 399, 439, 456, 466); в школе Московского общества воздухоплавания (№№ 446, 452, 454); Одесской авиашколе (№№ 448 и 455); Киевской школе летчиков-наблюдателей (№№447 и 458) и Кавказской авиашколе (№№ 451, 453 и 480). Более 50 самолетов «Лебедь-XII» было поставлено во второй половине 1917 г. в Школу воздушного боя в Красном Селе по заказу Морского ведомства, часть из них была снабжена двойным управлением.
Интересные выводы сделала уже советская комиссия, созданная предписанием начальника Управления ВВФ для сравнительных испытаний самолетов «Лебедь-XII», «Анасаль» и «Фарман-ХХХ», которые прошли с 31 октября по 20 ноября 1917 г. на Главном аэродроме. Комиссия отметила прочность и тщательность конструкции разведчика «Лебедь-XII» и его моторной установки, удобное обслуживание аппарата, хороший обзор и обстрел в стороны/назад (сектор обстрела до 200°).
Устойчивость и управляемость самолета признали удовлетворительными. Правда, было указано, что «Лебедь-XII» имеет склонность к пикированию при спуске. Как недостатки отмечались малая полезная нагрузка, недостаточные потолок и скорость, излишне длинные разбег и пробег. Пулеметную установку признали малоудобной. Было отмечено также, что стрельба вперед возможна только вверх под углом. Выпуск самолетов продолжился, и в 1918 г. были сданы последние 24 «Лебедь-XII».
После развала фронта отдельные экземпляры «Лебедь-XII» попали кому угодно. Так, в 1918 г. один такой самолет достался в Одессе полякам, у которых его экспроприировали австрийские войска. В Красной Армии в начале того же года несколько «Лебедь-XII» находилось в группе С.Э.Столярского, действовавшей севернее Петрограда в районе Нарвы и Ревеля. В 1919 г. это подразделение, называемое Саратовским гидроотрядом, использовало «Лебеди» на Северо-Западном фронте.