Но все новинки остались на бумаге. Хотя на опытной «сотке» все-таки установили турбонагнетатели и гермокабины, однако вскоре от них отказались. Командование ВВС с неодобрением отнеслось к избыточной сложности самолета, который должен был стать массовым. Кроме того, считалось, что основной зоной боевых действий будут малые и средние высоты (это подтвердилось последующим ходом войны между СССР и Германией). Поэтому ПБ-100 имел уже более традиционный вид. Гермокабины отсутствовали, а на моторах М-105Р вместо турбонагнетателей стояли обычные нагнетатели с приводом от самого двигателя.
В ходе испытаний «сотки» произошло несколько аварий. У самолета Стефановского отказал правый мотор, и он с трудом посадил машину на площадке техобслуживания, чудом «перепрыгнув» через ангар и составленные около него козлы. Потерпел аварию и второй самолет, «дублер», на котором летели А.М.Хрипков и П.И.Перевалов. После взлета на нем вспыхнул пожар, и ослепленный дымом пилот сел на первую попавшуюся площадку, задавив находившихся там людей.
Несмотря на эти аварии, самолет показал высокие летные характеристики и было решено строить его серийно. Опытную «сотку» продемонстрировали на первомайском параде 1940 г. Государственные испытания «сотки» закончились 10 мая 1940 г., а 23 июня самолет был принят к серийному производству. Серийный самолет имел некоторые отличия. Наиболее заметной внешней переменой было смещение вперед кабины пилота. За пилотом, чуть справа, находилось место штурмана. Носовая часть снизу была остеклена, что позволяло вести прицеливание при бомбометании. Штурман имел стрелявший назад пулемет ШКАС на шкворневой установке. За задней кромкой крыла находилось место стрелка-радиста, управлявшего подфюзеляжной «кинжальной» установкой ШКАС. Опытный образец-эталон серийной машины так и не был построен (точнее, его построили, но «задним числом») — берегли время в напряженной обстановке надвигавшейся войны. Официальные государственные испытания пикировщика прошли лишь в январе-феврале 1941 г.