А вот авиация Северного флота использовала С-47 для борьбы с немецкими подводными лодками в Арктике. Бомб на борт он не брал, но благодаря большому запасу горючего мог долго патрулировать отдаленные районы, куда не долетали другие типы машин. Для этой цели несколько С-47 передали морским летчикам в мае 1944-го из состава АДД. Периодически они привлекались для этого и ранее. К примеру, в ноябре 1943-го С-47 участвовал в проводке конвоя в районе острова Колгуев. После поступления из США больших летающих лодок PBY-1 функции дальнего противолодочного дозора перешли к ним, а «Дугласы» вернулись к своим транспортным задачам. Всего морская авиация получила десять С-47, которые эксплуатировались 65-м полком (Измайловский аэродром, Москва) и транспортными эскадрильями и отрядами флотов. В 17-й дивизии АДД для ее командира один С-47 превратили в летающий командный пункт с соответствующим оборудованным салоном и необходимыми средствами связи.
В отличие от Ли-2 С-47 штатного оборонительного вооружения не имел. Это было типично для всех американских транспортных самолетов. Случаи установки американцами пулеметов на С-47 — очень редки, обычно их не ставили и у нас. Но американцы работали, как правило, в условиях своего господства в воздухе. У нас же при необходимости действовать в прифронтовой зоне и, тем более над территорией противника, отсутствие вооружения становилось существенным недостатком. Это, например, сказалось на потерях 5-го корпуса АДД во время операций в Словакии: хотя С-47 составляли небольшую часть авиапарка корпуса. На их долю пришлось почти половина сбитых машин. Известны случаи установки на С-47 верхней турели УТК-1 с пулеметом УБТ по образцу Ли-2. Имелись даже машины с дополнительной парой пулеметов ШКАС в задних окнах кабины.
Поставки С-47 из США прекратились после победы над Японией. На последнем С-47А улетел из Фэрбэнкса 8 сентября экипаж П.П.Гамова. К концу октября все машины были распределены по местам. Большая часть самолетов осталась в строю ВВС, где они использовались как транспортные и штабные.