В этой модификации было существенно изменено крыло, оно было сделано трапециевидным с убирающимися предкрылками с одним подкосом вместо двух под консоли. Увеличены топливные баки, еще раз усилено шасси. Вместо ручки управления сделан полуштурвал ("рога"), улучшен обзор из кабины через ее остекления — лобовое и боковые стекла. Кабина сделана более комфортабельной — с мягкой обивкой сидений. Масса пустого самолета стала 1059 кг, полетная нормальная — 1588 кг. Однако благодаря лучшей аэродинамике при новом крыле скорость максимальная увеличилась более чем на 30 км/ч, возросла дальность, но немного снизился потолок. Рентабельность самолета повысилась
Як-12ГР
Поплавковый вариант, поплавки типа АИР-6. Летные качества были гораздо ниже, чем колесного, сказывалась и недостаточная для него мощность
Як-12М
(модифицированный) — Дальнейшее продолжение модификаций Як-12. По опыту эксплуатации была удлинена хвостовая часть фюзеляжа и общая длина самолета возросла до 9 м. Хвостовое оперение увеличено, добавлен форкиль. Фюзеляж, передние подкосы крыла и стойки шасси усилены. Резиновая амортизация хвостового колеса заменена гидравлической, сошник убран. Пассажиров три. Масса пустого самолета возросла до 1026 кг, полетная нормальная стала 1450 кг. Самолет приспособлен для установки на нем сельскохозяйственного оборудования в течение 2 ч.
Як-12Р
Значительная модификация Як-12. Установлен гораздо более мощный двигатель АИ-14Р в 260 л. с. с винтом ВИШ-530Л-11. Площадь крыла увеличена до 23,86 квадратных метров, его каркас — из дуралюмина, как и опалубка фюзеляжа под обшивкой. Самолет оборудован убираемым тормозным сошником впереди хвостового колеса для сокращения длины пробега до 50 м на грунтовых аэродромах. Пассажиров один — три. Масса пустого самолета возросла до 912 кг. Был принят в эксплуатацию в ВВС, как связной, а затем и в ГВФ в транспортном и других вариантах
Як-12С
Санитарный вариант Як-12 (1948 г.) под одного больного на стандартных носилках, с дверью в левом борту, без других конструктивных отличий.