Однако испытания и доводки Ла-250 затянулись на четыре года и в конце концов были прекращены. Авиация ПВО продолжала оставаться без столь нужного ей дальнего АРК.
Учитывая создавшуюся обстановку с дальним перехватчиком, командование авиации ПВО в 1957 году обратилось непосредственно к А.Н. Туполеву с предложением о создании в кратчайшие сроки на базе опытного фронтового сверхзвукового бомбардировщика "98" авиационно-ракетного комплекса дальнего перехвата. Предложение было принято, и уже в июне 1957 года в отделе С.М. Егера начались изыскательские работы по теме, получившей по КБ обозначение самолет "128", официальное — Ту-28. В течение года работы в КБ шли практически в инициативном порядке, и только через год, 4 июля 1958 года, вышло Постановление Совета Министров СССР №608-293, согласно которому КБ А.Н.Туполева как головная организация по созданию АРК должно было обеспечить создание комплекса Ту-28-80 в составе дальнего истребителя-перехватчика Ту-28 с двумя двигателями АЛ-7Ф-1, с ракетной системой "воздух-воздух" К-80 и системой наведения перехватчика на цель "Воздух-1". Самолет-носитель должен был обеспечивать максимальную скорость на форсаже 1700-1800 км/ч, продолжительность полета на дозвуке (900-1000 км/ч) около 3,5 часов, комплекс должен был перхватывать дозвуковые и сверхзвуковые цели на высотах до 21000 м. Комплекс должен был быть предъявлен на заводские испытания в первом квартале 1960 года и на государственные в четвертом квартале того же года. К работам по комплексу подключались: КБ А.М-Люльки — двигатель АЛ-7Ф-1 и его развитие АЛ-7Ф-2; КБ В.А. Добрынина — двигатель ВД-19, значительно более мощный чем АЛ-7Ф, и предназначавшийся для варианта Ту-28, рассчитанного на скорости более 2000 км/ч; КБ М.Р. Бисновата — ракеты К- 80 с радиолокационой и тепловой ГСН; КБ Ф.Ф. Волкова — бортовая РЛС "Смерч" и другие предприятия и организации ВПК СССР. Сложность работы по комплексу состояла не только в создании самого самолета-носителя, но и в организации четкого взаимодействия большого количества предприятий и организаций, участвоваших в проектировании АРК.